К сожалению, Вы не указали, где Вы обменивали паспорт гражданина РФ. Если по месту временной регистрации или по месту обращения, то проблема с не проставлением штампа может быть связана с двумя причинами:
1. Не прошел запрос с места постоянной регистрации о Вашей постоянной регистрации по месту жительства. Автоматически штампы не переносятся, а делаются запросы.
2. Факт регистрации по месту жительства не подтвердился. Это может быть в случае если Вы были сняты с постоянного регистрационного учета на основании решения суда или Ваша постоянная регистрация была признана органами ГУВМ МВД РФ (бывшее ФМС) фиктивной. Также возможен случай, что регистрация была получена нелегальна.
Если Вы подавали документы по месту постоянной регистрации, то сотрудники ГУВМ МВД РФ (бывшее ФМС) должны ответить на Ваш вопрос, почему штамп о постоянной регистрации по месту жительства не был проставлен. Это или техническая ошибка, или Вы фактически сняты с места постоянной регистрации по какой-либо причине.